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工程量清单通常是结算的根据，如果没有，可以进行评估。需要区分在中标备案合同之外另行签订的协议是属于与备案合同不一致的“黑合同”，还是属于正常的合同变更。这里的合同变更属狭义的，仅指合同内容的变更，不包括主体的变更。《民法典》明确了合同当事人协商一致对合同内容可以作出变更。实践中，不涉及合同实质性内容的变更形成的协议，就不属“黑合同”涉及实质性内容的，也应根据合同履行的实际状况、具体细节来认定如工程价款有微调，工期有延期、一些分项目有调整等，这些调整跟工程项目的实际情况有关，一般工程施工中发生的设计变更、工程量增减、诸多原因的工期变更等，在实际施工中因客观原因导致的签证、技术核定等发生的对原备案合同内容的变更就不属“黑合同”故，是否属于对实质性内容变更的“黑合同”还不能一概而论，应根据工程施工的具体情况来作出具体的分析，应当把握合同当事人的合同变更权利不被不合理的限制和排除，又应当考量合同当事人是否通过签订黑合同搞不正当竞争来损害国家、社会公共利益和他人的合法利益，这又成为法官的自由裁量权范围了。